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1、微生物在氮循環(huán)中的作用：

養(yǎng)殖水體中的氮可以促進或限制水產(chǎn)養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)中物質(zhì)能量的轉(zhuǎn)化，也是浮游植物生長限制性營養(yǎng)元素之一。

（1）氨化作用是含氮有機物經(jīng)微生物分解而產(chǎn)氨的過程。氨化微生物有很多，包括細菌、真菌和放線菌等。

（2）硝化作用是氨經(jīng)過亞硝酸的中間階段而氧化為硝酸的過程。

（3）反硝化作用是硝酸鹽還原為較簡單的氮化物的過程。

（4）固氮作用是使游離分子氮活化而形成氮化物的作用。

養(yǎng)殖水體中的某些微生物含有一些特殊的酶，可以把一般生物不能利用的氮轉(zhuǎn)化為生物可以利用的化合物形式，許多放線菌、真菌和藻類都具有這種功能。

2、微生物在磷循環(huán)中的作用：

磷作為浮游植物生長的限制性營養(yǎng)元素，其對水體初級生產(chǎn)力的限制作用往往比氮更強。磷以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中，分別是溶解無機磷、溶解有機磷和顆粒磷。這3種形式互相轉(zhuǎn)化可以在微生物的作用下構(gòu)成磷的一個重要的復雜動態(tài)循環(huán)。

3、微生物在硫循環(huán)中的作用：

硫在養(yǎng)殖環(huán)境中分別以3種形式存在，是氧化態(tài)-II，氧化態(tài)，氧化態(tài)+硫酸鹽。許多微生物可用硫酸鹽作為硫的唯一來源，以氧化態(tài)把它轉(zhuǎn)變成為有機的硫氫基化合物。

微生物在水產(chǎn)養(yǎng)殖水環(huán)境的修復中，碳循環(huán)中微生物分解有機物釋放二氧化碳，經(jīng)植物的光合作用合成復雜的有機物，為底棲動物、魚蝦蟹類提供和多糖類物質(zhì)；磷循環(huán)中微生物使水中的溶解態(tài)的磷被懸浮顆粒吸咐形成顆粒態(tài)磷，經(jīng)凝絮作用轉(zhuǎn)為沉淀，有效地降低了水體的磷元素，同時也為動物提供了其需要的磷元素;硫循環(huán)中在微生物的作用下產(chǎn)生硫化物，其中硫化氫對許多需氧微生物有毒作用，同時硫化氫與金屬生成沉淀，降低了有害的硫化氫，硫酸鹽可為動物提供需要的含硫氨基酸等；氮循環(huán)中微生物通過氨化作用、反硝化作用和固氮作用把含氮物質(zhì)變?yōu)橛袡C氮，為水產(chǎn)養(yǎng)殖提供餌料和肥料等蛋白質(zhì)物質(zhì)，生成硝酸鹽為藻類所利用，從而降低水體中的氨氣、氨氮與亞硝酸氮，起到了凈化作用。